Câu chuyện kể về Thánh đấu sĩ, là những người có nhiệm vụ bảo vệ nữ thần Athena và chiến đấu chống lại thế lực của quỉ dữ. Trong thần thoại Hy Lạp, cứ 200 năm quỉ dữ sẽ quay lại trái đất với âm mưu lật đổ thần Zeus và các thần khác để thống trị trái đất. Cùng lúc đó nữ thần Athena - được mệnh danh là nữ thần chiến tranh, sẽ được tái sinh với hình hài một đứa bé gái và sẽ trải qua nhiều thử thách để trở thành một nữ thần thật sự với quyền năng của trái đất để chống lại cái ác

Tenma, Alone và Sasha là 3 người bạn thân thiết từ thuở ấu thơ. Số phận chia cắt 3 họ ở những độ tuổi khác nhau và cũng chính số phận cho họ hội tụ lại, nhưng giờ không phải dưới danh nghĩ 3 người bạn thời thuơ ấu nữa mà là Thánh Đấu sĩ cung Thiên Mã - Tema, Minh Vương Hades - Alone và Nữ Thần Athena - Shasa. Cuộc thánh chiến nổ khiến bạn bè, người thân đối mặt nhau trên chiến trường. Liệu tình bạn có thể chấm dứt cuộc thánh chiến?

Khi cái ác tràn ngập trên mặt đất, những chiến binh của hi vọng sẽ xuất hiện. Những Thánh đấu sĩ của Nữ Thần Athena. Mỗi quyền họ đánh ra có thể xé toang bầu trời và bổ đôi mặt đất. Omega là phần tiếp theo của Saint Seiya kể về cuộc hành trình của Kouma cùng các Thánh chống lại Mar, bảo vệ thế giới...